南通市医疗保险基金管理中心成立于1996年12月，为市属社会公益型事业单位，隶属于南通市医疗保障局。

主要职能是参与编制全市医疗、生育、照护保险制度改革方案和年度工作计划，并组织实施；参与拟定全市医疗、生育、照护保险政策和管理办法，指导全市医疗、生育保险经办机构的业务工作；承担市区参保人员、参保单位基本医疗保险、大病医疗救助、离休干部医疗统筹、公务员医疗补助、城镇居民医疗保险、生育保险、照护保险的基金筹集、使用和管理工作。